По всей Европе происходят случаи уничтожения целых городов с помощью ранее невиданных драконов, среди которых есть «Дракон Киберконца» и «Радужный Дракон». Эти случаи приводят к изменению целой истории человечества. Во время очередной скоростной дуэли Юсэй Фудо сталкивается с загадочным человеком, который крадёт его карту «Дракон Звёздной Пыли». Погнавшись за ним, избранный попадает в прошлое, где сталкивается с Дзюдаем Юки. Когда эти двое решили объединиться, чтобы спасти мир, они последовали ещё дальше в прошлое, пока не столкнулись с легендарным королём дуэлей, Юги Муто. Используя веру в карты и в своих напарников, эти трое вынуждены одолеть похитителя карт и вернуть прежний мир.